متحوّل کرد
مرحوم حجةالاسلام سید شکرالله اصغری گفتند: آخوند ملّا حسینقلی همدانی در حرم حضرت امیرالمؤمنین مشغول تدریس بین شاگردانش بود. مشاهده می‌کنند مسلمان عربی از فردی نذری دریافت می‌کند که در قبال آن آب به سقّا خانه حضرت بریزند ولی او به این کار مبادرت نمی‌کند. آخوند به آقای بهاری اشاره می‌کند که به ارشاد شخص عرب برود. پس از دقایقی مشاهده می‌کنند بهاری همراه مرد عرب می‌آیند. آخوند فرمود: او مرد عرب را متحوّل و منقلب کرده می‌آورد.
* این قضیه را آقای سید اسماعیل اصغری این طور نقل کرده است که شخصی از نظر اخلاقی بهره‌ای نداشت از درب صحن امیرالمؤمنین وارد می‌شود و می‌خواهد از درب دیگر خارج شود آخوند ملّا حسینقلی خطاب به شاگردان می‌فرماید یکی از شما برود این بنده خدا را معالجه کند. مرحوم بهاری راه می‌افتد و از پشت سر به آن شخص سلام می‌کند و می‌گوید ای بنده خدا [یا عبدالعلی أما تَموتُ] نمی‌خواهی بمیری؟ می‌گوید: آقا شما با این کلام دیوانه‌ام کردی پرونده‌ام خراب است چه باید بکنم.
بهاری می‌فرماید:
گفته‌اند این شخص به جایی می‌رسد که مردم پس مانده غذای او را و ته مانده چای او را تبرکاً برمی‌داشتند.
از این فکرها نکن!
آقای سید اسماعیل اصغری فرمودند: آقا شیخ محمد بهاری اوایلی که از همدان به نجف مشرف شدند یک روز به اتفاق آخوند ملّا حسینقلی برای سیاحت به بیرون از شهر نجف توی یک باغ می‌روند. بهاری فرمود: من مشغول پختن غذا یا جمع‌آوری آذوقه بودم. از خیالم گذشت که من چند سالی در نجف بمانم بالاخره به یکی از مقامات رفیع علمی و عملی می‌رسم از دور استاد صدا زد آقا شیخ محمد از این فکرها نکن.
مسلک عرفانی و تربیت شاگردان
الف) رجاء و بسط غالب
از شرح احوال و مراسلات مرحوم بهاری پیداست که امید و بسطش غالب؛ و حالت غلیان عشق و محبتش جاری و تام بود. چنین عارفانی را خراباتی گویند او در مراسله سیزدهم گوید: «عاشقی شیوه مردان بلاکش باشد»… «مذهب عاشق ز ملّت‌ها جداست»
* از مرحوم عارف بالله حاج اسماعیل دولابی شنیدم که می‌فرمود: عده‌ای از شاگردان میرزا جواد ملکی تبریزی به مرحوم شیخ محمد بهاری پیوستند و فهمیدند که راه این دو با هم فرق دارد.
چه راه ملکی خوفی و مناجاتی و راه بهاری بسط و عشقی بوده است. علت را از شیخ بهاری پرسیدند. مرحوم بهاری فرمود: راه ملکی تبریزی راه راست است که به مقصد می‌رسد؛ اما راه ما میان‌بر است و نزدیک به مقصد؛ اما در حواشی راه خطر هم وجود دارد.
ب) طبیب را عوض کنید
مرحوم آخوند ملّا علی معصومی همدانی از یکی از شاگردان بهاری نقل کردند که گفت: ما نزد بهاری اخلاق می‌خواندیم پس از چند جلسه یک روز به محل درس مراجعه کردیم. ایشان فرمود: دیگر درس نیست! عرض کردیم چرا؟ فرمود: آیا در طی این مدت تغییر حال در خود مشاهده کرده‌اید؟
اگر نکرده‌اید، طبیب را عوض کنید.
* قضیه شیخ لطیف برای شاگردی را موضوع «امتحان از روی عزم» ص ۲۴ ببینید.
نپذیرفتن شاگرد
آقا سید اسماعیل اصغری فرمودند: از نجف چند نفر در ایران پیش آقای بهاری آمدند تا شاگردی کنند ولی ایشان نپذیرفت و فرمود: «دنبال استاد دیگری بروید من دیگر استاد نیستم!»
امتحان از روی عزم
شیخ لطیف بهاری ابتدا سه یا چهار روز پشت درب خانه بهاری می‌رود. بهاری می‌فرماید: چه کار داری؟ می‌گوید: می‌خواهم شاگرد شما بشوم. می‌فرماید: لطیف جان برو پی کارت، درس چیه من شاگرد قبول نمی‌کنم؛ چند روز او را رد می‌کند. بعد که دید او مصمّم است و امتحانش را خوب داده، می‌فرماید: حالا که وفاداری‌ات را ثابت کردی بیا، خوش آمدی. چون این راهی نیست که تو بخواهی به‌راحتی وارد شوی.
سیره اخلاق عملی
حسن رفتار و سیره عملی بهاری به نوعی بود که با حلم و نفوذ بیان از میان شاگردان استادش نمونه بود. جواب‌ها را یا شفاهاً یا کتباً با کمال خوش‌رویی و محبت می‌داد و ارشاد می‌کرد. لذا چهره‌اش بشاش و از مناظره به دور بود. قیافه‌ای جذّاب داشت و در حسن گفتار و رفتار پیشرو بوده است؛ و از علمایی که در شریعت غوطه‌ور بودند، از جهت جذب قلوب و رفتار پسندیده جلوتر بود.
زخم بر مرهم
در زمان مرحوم بهاری جلسه‌ای در منزل یکی از اهالی شهر تشکیل می‌شود. در جمع آیت‌الله شیخ باقر بهاری (متوفی ۱۳۳۳) و عده کثیری از بزرگان و معتمدین حضور داشتند. یکی از خان‌های اطراف بهار در آنجا بود که دارای سبیل بلندی بود. آیت‌الله شیخ باقر دستور می‌دهد قیچی بیاورند و سپس شارب آن خان را می‌زند که در میان جمع بسیار آزرده‌خاطر می‌شود و فکر می‌کند چطور به روستای خود برود درحالی‌که مردم می‌گویند خان رفت به بهار و نتوانست سبیل خود را نگاه دارد؛ در اثر این افکار نزدیک بود سکته کند. شیخ باقر وقتی از مجلس می‌رود، مرحوم بهاری دستور می‌دهد منقل و آتش بیاورند و خان را از جهت غذایی و روحی پذیرایی می‌کند و او را می‌سازد. خان بعد از پذیرایی گفت: شیخ باقر بر قلب من زخم کاری زد و شیخ محمد بر زخم من مرهم گذاشت که مرا از مرگ نجات داد. مرحوم آیت‌الله محمدحسین بهاری از شوخ‌طبعی و مزاح‌های شیخ بهاری تعریف می‌کردند و این بشارت وجه حاکی از حالت غلبه رجاء بر خوف آن بزرگوار بود.
باز عمل می‌کرد
سیره عملی او به اصطلاح «باز و آزاد» عمل می‌کرده و از دادن ارشادات و مطالب سلوکی و عرفانی به غیر هم دریغ نمی‌ورزیده است. چنان‌که از مجموع مطالب شفاهی و کتبی ایشان برمی‌آید. مثلاً به علماء و تجّار ایرانی و عرب و هندی، سفیر بغداد، دوستان و تلامذه که از او تقاضای دستورالعمل می‌کردند و راهگشایی را می‌خواستند برایشان ارشادات را ارسال می‌داشته است. تلامذه استادش ملّا حسینقلی همدانی هم او را به‌عنوان وصی تا سال ۱۳۲۳ که در نجف بودند، از محضرش استفاده می‌کردند و هیچ تعین و تقید دنیایی نداشته و با همه راحت بوده است.
عشق به ما ساخته
شیخ محمدحسین همدانی شاگرد میرزا جواد ملکی تبریزی فرمود: گاهی تسبیح در دست بهاری بوده و تند دور انگشتش می‌چرخاند، یک آدم کم‌ظرفیتی به ایشان گفته بود: آقا شما ماشاءالله با این مقام مانند یک جوان چهارده‌ساله می‌مانید (که تسبیح می‌گردانید). ایشان فرمود: عشق به ما ساخته. در واقع بعضی عرفا در کلمات و افعالشان می‌خواستند رد گم کنند؛ و داعیه را از خود دور می‌کردند، در نتیجه کسی را به خود دعوت نمی‌کردند و این سیره، دفع انّیت و هوی پرستی است.
قابل توصیف نبود
استاد فقها و اصولیون مرحوم آیت‌الله شیخ محمدحسین اصفهانی معروف به کمپانی را نوع اهل علم می‌شناسند که در رشته علمی خود متخصص بود. آیت‌الله سید محمد عرب زاده (آقا نجفی) از پدرش آیت‌الله سید علی عرب نقل کرد که مرحوم کمپانی نقل فرمود: که من در سال ۱۳۱۴ یا ۱۳۱۵ قمری به نجف مشرّف شدم با عارف باللّه سید احمد کربلایی تماس زیاد داشتم. شنیده بودم که آخوند ملّا حسینقلی همدانی درباره شیخ محمد بهاری فرمود: ایشان حکیم اصحاب من است بهتر دیدم با ایشان هم‌سفر و همراه شوم و به‌طرف سامرا سپس از آنجا به کربلا بروم. وقتی به کربلا رسیدیم منزلی گرفتیم و سپس عازم حرم شدیم بعد از چند لحظه دیدم بهاری در حرم نیست به منزل آمدم و بهاری را در یک حالت تهجّد و عرفانی عجیب دیدم که قابل توصیف نبود تا جایی که آن حالت باعث حیرت من گردید؛ بهاری چه فضائلی که داشتند!
امام جماعت نشد
روزی که از نجف اشرف مرحوم بهاری وارد شهر بهار می‌شوند، اهالی و بزرگان به استقبال او می‌شتابند و جمعیت کثیری با شور و شوق به دیدار او می‌آیند. وقت نماز فرا رسد بزرگان و اهالی مشتاقانه درخواست می‌کنند که پشت سر بهاری نماز جماعت برگزار کنند. ایشان می‌پرسند هر روز امام جماعت شما را چه کسی عهده‌دار بوده است. عرض می‌شود (حاج ملّا) می‌فرمایند: امروز هم همه پشت سر حاج ملّا نماز جماعت می‌خوانیم.
این از مشی و اخلاق و تواضع بارز و گریز از شهرت ایشان بود.
چای خوردی ما را یاد کن
مرحوم حجةالاسلام سید ابراهیم اصغری امام جماعت مسجد جامع بهار نقل کردند: در یکی از سفرهای حج با علماء تهران که در کاروانی جمع بودند دیدار داشتم. آنان از من پرسیدند: از کدام شهر ایران آمدی؟ گفتم: بهار همدان. با اظهار مسرت ذکری از عظمت مرحوم شیخ محمد بهاری به میان آمد.
یکی از علماء تهرانی که گویا در نجف اشرف با مرحوم بهاری دوستی داشت خاطره‌ای را از آن بزرگوار نقل کرد: مرحوم بهاری مدتی به یک نوع بیماری مبتلا بودند و بسیار احساس تشنگی می‌کردند و زیاد آب می‌نوشیدند. پزشکان تجویز کرده بودند به جای آب زیاد چای بنوشند. بهاری یک شب امام حسین علیه‌السلام را در خواب می‌بیند که به او می‌فرمایند: هرگاه آب می‌نوشیدی سلامی نثار ما می‌کردی، هرگاه چای هم می‌نوشی ما را یاد کن. این مسئله ارتباط عمیق آن ولایت مدار را با اهل‌بیت عصمت می‌رساند.