اتصال سلسله‌ای به نور علی شاه
بعضی گفته‌اند که سلسله ارشاد مرحوم بهاری به سه واسطه به نور علی شاه اصفهانی از سلاسل نعمت اللّهی پیوسته بود که صحت و سقم آن روشن نیست.
* نقد: همان‌طوری که ما در کتاب روح و ریحان ص ۱۱۳ یادداشت کردیم سلسله طریقتی آقا سید احمد کربلایی و شیخ محمد بهاری چنین است:
شیخ محمد بهاری (م ۱۳۲۵) ملّا حسینقلی همدانی (م ۱۳۱۱) سید علی شوشتری (م ۱۲۸۳) سید صدرالدین کاشف دزفولی (م ۱۲۵۸) آقا محمد بیدآبادی (م ۱۱۹۸). درحالی‌که وفات نور علی شاه ۱۲۱۲ (هـ. ق) بوده است و هیچ دلیل قاطع و تام در جایی دیده نشده است که اتصال سلسله ارشادی بهاری به نور علی شاه برسد.
سید علی آقا قاضی شاگرد بهاری
در کتاب تاریخ حکما و عرفا متأخرین نوشته که آقا سید علی آقا قاضی شاگرد عرفانی آقا سید احمد کربلایی و جناب آقا شیخ محمد بهاری بود.
* نقد: گر چه ورود مرحوم آقای قاضی ۱۳۱۳ (هـ. ق) به نجف بوده و مرحوم بهاری ۱۳۲۳ (هـ. ق) از نجف به ایران مهاجرت کرد قریب ده سال در شهر نجف، قاعدتاً ملاقات و آشنایی و انس بوده اما در هیچ کتابی شاگردی آقای قاضی برای بهاری را ننوشته‌اند و متأسفانه کتاب‌هایی که بعد از تاریخ حکما و عرفا نوشته شد مانند دریای عرفان ص ۲۹ و جمال عرفان ص ۴ و سیمای فرزانگان ص ۷۹ و گلشن ابرار ۳۸۳/۴ این مطلب را نوشته‌اند که صحت و نسبت قابل‌تأمل است و فرزند آقای قاضی سید محمدحسن در کتاب صفحات من تاریخ الاعلام جلد ۱ و ۲ این شاگردی را ثبت نکرده است. صرف ملاقات و آشنایی و هم‌نشینی دلیل بر شاگردی کسی نیست.
علت مهاجرت به ایران
مرحوم بهاری در نجف که بود مریض می‌شود و به دکتر مراجعه می‌کند و پزشک دستور تغییر آب و هوا را به ایشان می‌دهد. ایشان به ایران مهاجرت می‌کند و برای زیارت امام رضا علیه‌السلام به مشهد می‌رود و مدتی آنجا می‌ماند. در برگشت دوباره به نجف، در طی مسیر ابتدا به تبریز سفر می‌نماید و در ادامه راه به علت بیماری، مجدداً عازم شهر بهار می‌گردد و تا پایان عمر پر برکت در بهار می‌ماند. در جزوه یادواره بهاری ۱۰ رمضان ۱۴۰۵ قمری ص ۴ نوشته اواخر عمر که بهاری مریض شد جهت معالجه به تبریز دعوت می‌شود. با فرارسیدن فصل سرما مجدداً حال ایشان دگرگون می‌شود و به بهار مراجعت می‌کند. «آقای بهاری اهل شهرت نبودند. مدتی در همدان محله کبابیان ساکن بودند؛ و در اواخر عمر فرمودند: راضی نیستم مردم برای نقل جنازه من به بهار دچار مشکل شوند برای همین منزل را به بهار انتقال می‌دهند.» قبل از رحلت ایشان سؤال می‌کنند آقای بهاری شما را در بهار دفن کنیم یا به نجف ببریم؟ فرمود: در بهار دفن کنید.
طی الارض
مرحوم شیخ رضا بهاری (برادر آیت‌الله شیخ محمدباقر بهاری) می‌گفت: مرحوم بهاری که در مرض موت بودند، من به عیادت ایشان رفتم. از پله‌ها که پائین می‌آمدم دیدم یکی از علماء تراز اول نجف دارد به عیادت ایشان می‌آید. گفتم: آقا کی تشریف آوردید و چرا خبر ندادید که به استقبال بیاییم، شما به چه وسیله‌ای آمدید؟ فرمود: صدایش را در نیاور من آمده‌ام از حاج شیخ محمد بهاری عیادت کنم. آمدن آن عالم با طی الارض بود و مخفیانه آمد و حال ایشان را پرسید و برفت.
منزل بهاری در همدان
آقا سید اسماعیل اصغری در ارتباط با خانه بهاری در همدان فرمود: ایشان مدتی در محله کبابیان همدان سکونت داشت و در شهر بهار در خیابان امام فعلی نرسیده به میدان امام سمت راست منزلش بوده است. خانه ابتدا بزرگ بود؛ بعد تقسیم شده و چند دفعه خراب و بنا شد. پدرم (مرحوم حجةالاسلام سید ابراهیم اصغری) تأسف می‌خورد و می‌گفت: آن کجاوه‌ای هم که آقای بهاری را با آن از شهر تکاب تبریز به همدان آورده بودند، یک نجاری آن را خراب می‌کند و تکه‌تکه کرده و با آن چیزهای دیگر می‌سازد. مردم نمی‌دانستند که این‌ها را به‌عنوان آثار نگه دارند. دوستان بنده که برای تهیه گزارش ۲۴ آبان ۱۳۸۶ به همدان رفتند به پیرمردی قریب ۸۰ ساله که تزریقاتچی سابق برادرزاده مرحوم بهاری بود برخورد کردند که دوستان را به خانه سابق مرحوم بهاری برد و نشان داد که یک ساختمان آجرنما ساخته بودند.
وفات
اخبار از وفات در بهار
مرحوم بهاری با شخصی به نام مشهدی ستار از شهرستان تبریز به شهر بهار حرکت می‌نمایند. در راه کسالت عارض او می‌شود و حال و مزاج ایشان دچار مشکل جدی می‌گردد. آن مرد همراه، در ذهنش خطور می‌کند یک وقت خدای ناکرده آقای بهاری دچار مرگ نشود که کار انتقال به بهار مشکل می‌شود. مرحوم بهاری این مطلب را از ذهن او می‌خواند و بلافاصله می‌فرماید: نگران نباش من در راه نخواهم مرد، بلکه به شهر بهار خواهیم رسید و چند روزی در آنجا زندگی خواهم کرد و پس از چند روز آنجا خواهم مرد. انشاء الله حادثه‌ای پیش نخواهد آمد.
نُه روز دیگر از دنیا می‌روم
یکی از تجّار بهار به نام عابدین دایی مرحوم حاج فرخ شفیعی در شهر تکاب مشغول کسب و کار بود نقل کرده که مرحوم شیخ محمد بهاری مدتی در شهر تبریز تشریف داشتند و میهمان آیت‌الله شیخ جواد ملکی تبریزی بودند. مرحوم بهاری به شهر تکاب تشریف آورده و میهمان شدند و استقبال فوق‌العاده‌ای از ایشان شد. سپس قصد حرکت به‌سوی بهار را کردند. در این هنگام تعدادی از آقایان علماء و تجّار بهار و صالح‌آباد که ساکن تکاب بودند به من گفتند که با آقای بهاری بروم با توجه به کسالت ایشان هنگام سوار و پیاده شدن از مرکب کمک‌حالشان باشم. در میانه راه در بیابانی بی‌آب و علف آقا برای تجدید وضو پیاده شدند و هنگام سوار شدن که من به ایشان کمک می‌کردم دیدم رنگ رخسارش پریده و حالشان اندکی دگرگون شد و لرزه بر اندام ایشان افتاد. من چیزی عرض نکردم و فقط فکر کردم که اگر آقا در این بیابان دور دست مرحوم شوند تکلیف من چیست؟ البته چیزی بر زبان نیاوردم و فقط ناراحتی در ذهن و درونم بود. حضرت بهاری در من نگریست و خندید و فرمود: نترس، من اینجا نمی‌میرم، انشاء الله می‌رویم بهار و در آنجا پس از ۹ روز موعد مرگ من است.
تاریخ وفات
تاریخ وفات بهاری را نهم ماه رمضان سال ۱۳۲۵ نوشته‌اند. در کتاب الذریعه ۴۶/۴ تاریخ وفات را این‌طور نوشته «آه خزان شد گل و بهار محمد»
این شعر از مرحوم اسماعیل تائب تبریزی است که در تاریخ درگذشت بهاری فرموده:
شیخ بهاری مسمّی حضرت خاتم **** رفته از این نشأه در جوار محمد
رو به در مصطفی نهاد و شد آن در **** مأمن و منجاء و مستجار محمد
تائب شوریده بهر گرفتن تاریخ **** خواست کند گوهری نثار محمد
غوطه زد اندر بهار فکرت و گفتا **** آه خزان شد گل و بهار محمد
این بیت موافق ۱۳۲۶ (هـ. ق) می‌شود که بعضی سال وفات بهاری را این سال نوشته‌اند.
تشییع‌جنازه
وقتی ایشان وفات کردند آیت‌الله شیخ محمدباقر بهاری با علماء برای تشییع‌جنازه ایشان از همدان به بهار می‌آیند. زمستان بسیار سردی بود ولی تشییع‌جنازه بسیار باشکوه شد.
قبر بهاری
قبور منوّر همانند قبور سادات عظام محل زیارت و تردد زائران و مشتاقان است و هر کدام از قبرها دارای برکات و آثار خاص خودش می‌باشد که معروف است شیخ محمد بهاری از زائرین خود پذیرایی می‌کند. از جمله قبرهای قابل توجه، آرامگاه شیخ محمد بهاری است که بنده در تابستان ۱۳۸۹ برای تحقیق درباره شرح احوال ایشان به کتابخانه‌های همدان و شهر بهار رفتم از نزدیک قبر منوّر ایشان را مشاهده نمودم که داستان‌های بسیاری درباره قبر ایشان نقل می‌شده است. «وقتی عارف باللّه سید هاشم حداد برای زیارت قبر بهاری رفتند فرمودند: آقای انصاری همدانی حق داشته است که مکرر این جا می‌آمده چون قبر بهاری بسیار پر نور است.» مؤلف کتاب روح مجرد می‌نویسد: ما شنیده بودیم مرحوم انصاری به سر مزار بهاری زیاد می‌آمده است که برای جلب روحانیت و استمداد از روح او باید بوده باشد. آقای انصاری همدانی فرمود: بعد از قبر سلمان فارسی، قبری به نورانیت قبر محمد بهاری در بهار همدان ندیدم.
عکس بهاری
عکسی در کتاب‌ها چاپ شده است اما در این‌که صد در صد عکس بهاری است مورد تردید است و ما هم آن را درج نکردیم و آقا سید اسماعیل اصغری فرمودند: آقای بهاری اجازه عکس گرفتن نمی‌داد و این عکس موجود هم صد در صدی نیست، به ایشان منسوب است.