أَبُو عَلِيٍّ اَلْحَسَنُ بْنُ أَحْمَدَ بْنِ إِبْرَاهِیمَ بْنِ شَاذَانَ قَالَ قَالَ عَلِيٌّ عَلَیْهِ السَّلاَمُ: إِنَّهُ كَانَ لِرَسُولِ اَللَّهِ صَلَّی اَللَّهُ عَلَیْهِ وَ آلِهِ سِرٌّ قَلَّ مَا عُثِرَ عَلَیْهِ وَ كَانَ یَقُولُ وَ أَنَا أَقُولُ لَعْنَةُ اَللَّهِ وَ مَلاَئِكَتِهِ وَ أَنْبِیَائِهِ وَ رُسُلِهِ وَ صَالِحِي خَلْقِهِ عَلَی مُفْشِي سِرِّ رَسُولِ اَللَّهِ صَلَّی اَللَّهُ عَلَیْهِ وَ آلِهِ إِلَی غَیْرِ ثِقَةٍ فَاكْتُمُوا سِرَّ رَسُولِ اَللَّهِ صَلَّی اَللَّهُ عَلَیْهِ وَ آلِهِ سَمِعْتُهُ یَقُولُ یَا عَلِيُّ إِنَّ كَثِیراً مِنَ اَلنَّاسِ وَ إِنْ قَلَّ تَعَبُّدُهُمْ إِذَا عَلِمُوا مَا أَقُولُ كَانُوا فِي أَشَدِّ اَلْعِبَادَةِ وَ أَفْضَلِ اَلاِجْتِهَادِ إِنِّي لَمَّا أُسْرِيَ بِي إِلَی اَلسَّمَاءِ اَلسَّابِعَةِ نُودِیتُ یَا مُحَمَّدُ إِنَّ رَبَّكَ یَقْرَأُ عَلَیْكَ اَلسَّلاَمَ وَ یَقُولُ لَكَ إِنَّكَ أَكْرَمُ خَلْقِهِ عَلَیْهِ وَ عِنْدَهُ عِلْمٌ قَدْ زَوَاهُ یَعْنِي خَزَنَهُ عَنْ جَمِیعِ اَلْأَنْبِیَاءِ یقول علی بن طاوس ثم ذكر في جملة أسرار هذا الدعاء ما هذا لفظه: یَا مُحَمَّدُ وَ مَنْ هَمَّ بِأَمْرَیْنِ فَأَحَبَّ أَنْ أَخْتَارَ لَهُ أَرْضَاهُمَا لِي فَأَلْزَمَهُ إِیَّاهُ فَلْیَقُلْ حِینَ یُرِیدُ ذَلِكَ "اَللَّهُمَّ اِخْتَرْ لِي بِعِلْمِكَ وَ وَفِّقْنِي بِعِلْمِكَ لِرِضَاكَ وَ مَحَبَّتِكَ اَللَّهُمَّ اِخْتَرْ لِي بِقُدْرَتِكَ وَ جَنِّبْنِي بِقُدْرَتِكَ مَقْتَكَ وَ سَخَطَكَ اَللَّهُمَّ اِخْتَرْ لِي فِیمَا أُرِیدُ مِنْ هَذَیْنِ اَلْأَمْرَیْنِ (آنها را نام ببر) أَسَرَّهُمَا إِلَيَّ وَ أَحَبَّهُمَا إِلَیْكَ وَ أَقْرَبَهُمَا مِنْكَ وَ أَرْضَاهُمَا لَكَ اَللَّهُمَّ إِنِّي أَسْأَلُكَ بِالْقُدْرَةِ اَلَّتِي زَوَیْتَ بِهَا عِلْمَ اَلْأَشْیَاءِ كُلِّهَا عَنْ جَمِیعِ خَلْقِكَ فَإِنَّكَ عَالِمٌ بِهَوَايَ وَ سَرِیرَتِي وَ عَلاَنِیَتِي فَصَلِّ عَلَی مُحَمَّدٍ وَ آلِهِ وَ اِسْفَعْ بِنَاصِیَتِي إِلَی مَا تَرَاهُ لَكَ رِضًا فِیمَا اِسْتَخَرْتُكَ فِیهِ حَتَّی یُلْزِمَنِي ذَلِكَ أَمْراً أَرْضَی فِیهِ بِحُكْمِكَ وَ أَتَّكِلُ فِیهِ عَلَی قَضَائِكَ وَ أَكْتَفِي فِیهِ بِقُدْرَتِكَ وَ لاَ تَقْلِبْنِي وَ هَوَايَ لِهَوَاكَ مُخَالِفاً وَ لاَ بِمَا أُرِیدُ لِمَا تُرِیدُ مُجَانِباً اِغْلِبْ بِقُدْرَتِكَ اَلَّتِي تَقْضِي بِهَا مَا أَحْبَبْتَ عَلَی مَنْ أَحْبَبْتُ بِهَوَاكَ هَوَايَ وَ یَسِّرْنِي لِلْیُسْرَی اَلَّتِي تَرْضَی بِهَا عَنْ صَاحِبِهَا وَ لاَ تَخْذُلْنِي بَعْدَ تَفْوِیضِي إِلَیْكَ أَمْرِي بِرَحْمَتِكَ اَلَّتِي وَسِعَتْ كُلَّ شَيْءٍ اَللَّهُمَّ أَوْقِعْ خِیَرَتَكَ فِي قَلْبِي وَ اِفْتَحْ قَلْبِي لِلُزُومِهَا یَا كَرِیمُ آمِینَ رَبَّ اَلْعَالَمِینَ" فَإِنَّهُ إِذَا قَالَ ذَلِكَ اِخْتَرْتُ لَهُ مَنَافِعَهُ فِي اَلْعَاجِلِ وَ اَلآجِلِ. (فتح الأبواب ج۱ص۱۹۲)
ابن‌طاووس به سند مفصّل، دعایی را از امیرمؤمنان(ع) از رسول خدا(ص) نقل می‌کند و آن را از اسرار الهی و لازم‌الإختفاء از نااهلان میداند. رسول خدا(ص) فرمود: یا علی، این دعا موجب میشود بنده در حال عبودیتِ مدام باشد. این دعا را در شب معراج، خداوند به من آموخت و فرمود: وقتی بنده‌ام بر سر دوراهی انجام کاری قرار می‌گیرد و دوست دارد که من برایش مطابق رضای خودم انتخاب کنم، و آن را برایش پیش ببرم، بگوید:
اَللَّهُمَّ اِخْتَرْ لِي بِعِلْمِكَ وَ وَفِّقْنِي بِعِلْمِكَ لِرِضَاكَ وَ مَحَبَّتِكَ، اَللَّهُمَّ اِخْتَرْ لِي بِقُدْرَتِكَ وَ جَنِّبْنِي بِقُدْرَتِكَ مَقْتَكَ وَ سَخَطَكَ، اَللَّهُمَّ اِخْتَرْ لِي فِیمَا أُرِیدُ مِنْ هَذَیْنِ اَلْأَمْرَیْنِ وَ تُسَمِّیهِمَا أَسَرَّهُمَا إِلَيَّ وَ أَحَبَّهُمَا إِلَیْكَ وَ أَقْرَبَهُمَا مِنْكَ وَ أَرْضَاهُمَا لَكَ، اَللَّهُمَّ إِنِّي أَسْأَلُكَ بِالْقُدْرَةِ اَلَّتِي زَوَیْتَ بِهَا عِلْمَ اَلْأَشْیَاءِ كُلِّهَا عَنْ جَمِیعِ خَلْقِكَ، فَإِنَّكَ عَالِمٌ بِهَوَايَ وَ سَرِیرَتِي وَ عَلاَنِیَتِي، فَصَلِّ عَلَی مُحَمَّدٍ وَ آلِهِ وَ اِسْفَعْ بِنَاصِیَتِي إِلَی مَا تَرَاهُ لَكَ رِضًا فِیمَا اِسْتَخَرْتُكَ فِیهِ حَتَّی یُلْزِمَنِي ذَلِكَ أَمْراً أَرْضَی فِیهِ بِحُكْمِكَ وَ أَتَّكِلُ فِیهِ عَلَی قَضَائِكَ وَ أَكْتَفِي فِیهِ بِقُدْرَتِكَ، وَ لاَ تَقْلِبْنِي وَ هَوَايَ لِهَوَاكَ مُخَالِفاً وَ لاَ بِمَا أُرِیدُ لِمَا تُرِیدُ مُجَانِباً، اِغْلِبْ بِقُدْرَتِكَ اَلَّتِي تَقْضِي بِهَا مَا أَحْبَبْتَ عَلَی مَنْ أَحْبَبْتُ بِهَوَاكَ هَوَايَ، وَ یَسِّرْنِي لِلْیُسْرَی اَلَّتِي تَرْضَی بِهَا عَنْ صَاحِبِهَا، وَ لاَ تَخْذُلْنِي بَعْدَ تَفْوِیضِي إِلَیْكَ أَمْرِي بِرَحْمَتِكَ اَلَّتِي وَسِعَتْ كُلَّ شَيْءٍ، اَللَّهُمَّ أَوْقِعْ خِیَرَتَكَ فِي قَلْبِي وَ اِفْتَحْ قَلْبِي لِلُزُومِهَا یَا كَرِیمُ آمِینَ رَبَّ اَلْعَالَمِینَ.
چنین که گفت، منافع عاجل و آجل وی را در نظر می‌گیرم. (فتح الأبواب ج۱ص۱۹۲)
وَجَدْتُ بِخَطِّ اَلشَّیْخِ عَلِيِّ بْنِ یَحْیَی اَلْحَافِظِ وَ لَنَا مِنْهُ إِجَازَةٌ بِكُلِّ مَا یَرْوِیهِ مَا هَذَا لَفْظُهُ: اِسْتِخَارَةُ مَوْلاَنَا أَمِیرِ اَلْمُؤْمِنِینَ عَلِيِّ بْنِ أَبِي طَالِبٍ عَلَیْهِ السَّلاَمُ وَ هِيَ أَنْ تُضْمِرَ مَا شِئْتَ وَ تَكْتُبَ هَذِهِ اَلاِسْتِخَارَةَ وَ تَجْعَلَهَا فِي رُقْعَتَیْنِ وَ تَجْعَلَهُمَا فِي مِثْلِ اَلْبُنْدُقِ وَ یَكُونَ بِالْمِیزَانِ وَ تَضَعَهُمَا فِي إِنَاءٍ فِیهِ مَاءٌ وَ یَكُونَ عَلَی ظَهْرِ أَحَدِهِمَا اِفْعَلْ وَ اَلْأُخْرَی لاَ تَفْعَلْ وَ هَذِهِ كِتَابَتُهَا مَا شَاءَ اَللَّهُ كَانَ اَللَّهُمَّ إِنِّي أَسْتَخِیرُكَ خِیَارَ مَنْ فَوَّضَ إِلَیْكَ أَمْرَهُ وَ أَسْلَمَ إِلَیْكَ نَفْسَهُ وَ اِسْتَسْلَمَ إِلَیْكَ فِي أَمْرِهِ وَ خَلاَ لَكَ وَجْهُهُ وَ تَوَكَّلَ عَلَیْكَ فِیمَا نَزَلَ بِهِ اَللَّهُمَّ خِزْ لِي وَ لاَ تَخِزْ عَلَيَّ وَ كُنْ لِي وَ لاَ تَكُنْ عَلَيَّ وَ اُنْصُرْنِي وَ لاَ تَنْصُرْ عَلَيَّ وَ أَعِنِّي وَ لاَ تُعِنْ عَلَيَّ وَ أَمْكِنِّي وَ لاَ تُمَكِّنْ مِنِّي وَ اِهْدِنِي إِلَی اَلْخَیْرِ وَ لاَ تُضِلَّنِي وَ أَرْضِنِي بِقَضَائِكَ وَ بَارِكْ لِي فِي قَدَرِكَ إِنَّكَ تَفْعَلُ مَا تَشَاءُ وَ تَحْكُمُ مَا تُرِیدُ وَ أَنْتَ عَلَی كُلِّ شَيْءٍ قَدِیرٌ - اَللَّهُمَّ إِنْ كَانَتْ لِيَ اَلْخِیَرَةُ فِي أَمْرِي هَذَا فِي دِینِي وَ دُنْیَايَ وَ عَاقِبَةِ أَمْرِي فَسَهِّلْهُ لِي وَ إِنْ كَانَ غَیْرَ ذَلِكَ فَاصْرِفْهُ عَنِّي یَا أَرْحَمَ اَلرَّاحِمِینَ - إِنَّكَ عَلَی كُلِّ شَيْءٍ قَدِیرٌ فَأَیُّهُمَا طَلَعَ عَلَی وَجْهِ اَلْمَاءِ فَافْعَلْ بِهِ وَ لاَ تُخَالِفْهُ إِنْ شَاءَ اَللَّهُ تَعَالَی وَ حَسْبُنَا اَللَّهُ وَ نِعْمَ اَلْوَكِیلُ. (فتح الأبواب ج۱ص۲۶۴)
استخارهٔ امیرمؤمنان(ع) به نقل از ابن‌طاووس: پس از قصد کار در دل، جملات زیر را بر دو کاغذ هم اندازه می‌نویسی و پشت یکی می‌نویسی "انجام بده" و پشت دومی می‌نویسی "انجام نده". سپس دو کاغذ را مثل هم چنان تا میکنی که هر دو یک شکل و تقریباً به اندازهٔ یک فندق شوند. سپس هر دو را در یک ظرف آب می‌اندازی. آنرا که به زیر آب رفت رها میکنی و طبق آن یکی که هنوز روی آب باقی مانده عمل میکنی. آن جملات این است:
مَا شَاءَ اَللَّهُ كَانَ اَللَّهُمَّ إِنِّي أَسْتَخِیرُكَ خِیَارَ مَنْ فَوَّضَ إِلَیْكَ أَمْرَهُ وَ أَسْلَمَ إِلَیْكَ نَفْسَهُ وَ اِسْتَسْلَمَ إِلَیْكَ فِي أَمْرِهِ وَ خَلاَ لَكَ وَجْهُهُ وَ تَوَكَّلَ عَلَیْكَ فِیمَا نَزَلَ بِهِ اَللَّهُمَّ خِزْ لِي وَ لاَ تَخِزْ عَلَيَّ وَ كُنْ لِي وَ لاَ تَكُنْ عَلَيَّ وَ اُنْصُرْنِي وَ لاَ تَنْصُرْ عَلَيَّ وَ أَعِنِّي وَ لاَ تُعِنْ عَلَيَّ وَ أَمْكِنِّي وَ لاَ تُمَكِّنْ مِنِّي وَ اِهْدِنِي إِلَی اَلْخَیْرِ وَ لاَ تُضِلَّنِي وَ أَرْضِنِي بِقَضَائِكَ وَ بَارِكْ لِي فِي قَدَرِكَ إِنَّكَ تَفْعَلُ مَا تَشَاءُ وَ تَحْكُمُ مَا تُرِیدُ وَ أَنْتَ عَلَی كُلِّ شَيْءٍ قَدِیرٌ اَللَّهُمَّ إِنْ كَانَتْ لِيَ اَلْخِیَرَةُ فِي أَمْرِي هَذَا فِي دِینِي وَ دُنْیَايَ وَ عَاقِبَةِ أَمْرِي فَسَهِّلْهُ لِي وَ إِنْ كَانَ غَیْرَ ذَلِكَ فَاصْرِفْهُ عَنِّي یَا أَرْحَمَ اَلرَّاحِمِینَ - إِنَّكَ عَلَی كُلِّ شَيْءٍ قَدِیرٌ.